廣義上的有機肥：俗稱農家肥，主要以人畜糞便、秸稈、動物殘體、屠宰場廢棄物等組成，別的還包含餅肥、堆肥、漚肥、廄肥、沼肥、綠肥等。這類有機肥在我國已有幾千年的使用前史，對我國土壤肥力的堅持發揮了非常重要的效果。但是近些年來，很多農人朋友為了省工省力，將這幾千年的耕作傳統變成了簡單的“連續”，有機肥未經充沛腐熟就直接施入土壤，形成燒苗、土壤板結、鹽漬化等問題，嚴重時乃至形成土壤及農產品的重金屬超支。究其原因是因為未經充沛腐熟有機肥，里面常常含有很多的病原菌和蟲卵，而且有機肥施入土壤后的二次腐熟進程會發生很多氨氣和有機酸，不只傷害根系，還會形成作物氨氣中毒。

生物有機肥就是含有生物的有機肥，其間的“生物”指的就是微生物。上述說到的不論是廣義的仍是狹義的有機肥中其實都含有微生物，其間未經嚴厲無害化處理的有機肥中不光含有有利微生物，更含有很多病原菌，即便是通過高溫等無害化處理的有機肥，盡管病原菌已被殺滅，但有利微生物的數量也比較少，難以在土壤中發揮成效。但是生物有機肥中的微生物是通過人類挑選的、具有必定功用的微生物，而且不同生物有機肥所選用的微生物菌種和菌株不同，其在土壤中的成效也具有不同。