一、作基肥施用

概念：生物菌肥養分釋放慢、肥效長、適宜作基肥施用。在播種前翻地時施入土壤，一般叫底肥，有的在播種時施在種子附近，也叫種肥。該施肥方法適宜于：種植密度較大的作物。農家生物菌肥和商品顆粒生物菌肥用法有所區別。

二、作追肥施用
生物菌肥不僅是理想的基肥，腐熟好的有機肥料含有大量養分，也可作追肥施用。生物菌肥的養分主要以養分為主，作追肥更適宜。追肥是作物生長期間的一種養分補充供給方式，一般適宜進行穴施或溝施。