集中施用除了量大的粗雜生物有機肥料外，養分含量高的商品有機肥料一般采取在定植穴內施用或挖溝施用的方法，將其集中施在根系伸展部位，可充分發揮其肥效。集中施用并不是離定植穴越近越好，是根據有機肥料的質量情況和作物根系生長情況，采取離定植特定距離施肥，作為待效肥隨著作物根系的生長而發揮作用。在施用生物有機肥料的位置，土壤通氣性變好，根系伸展良好，還能使根系有效地吸收養分

溝施、穴施的關鍵是把養分施在根系能夠伸展的范圍內。因此，集中施用生物有機肥時施肥位置是重要的，施肥位置應根據作物吸收肥料的變化情況而加以改變。理想的施肥方法是，肥料不要接觸種子或作物的根，距離根系有特定距離，作物生長特定程度后才能吸收利用。采用條施和穴施，可在特定程度上減少肥料施用量，但相對來講施肥用工投入增加。